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南方周末:良莠不齊的基因測(cè)序

[2015/5/12]

  目前絕大多數(shù)基因檢測(cè)服務(wù)沒(méi)有臨床應(yīng)用方面的證據(jù)。這意味著,基因檢測(cè)盡管意義重大,如果不加以嚴(yán)格管理,就有可能因?yàn)樯虡I(yè)利益而毀掉這一前程遠(yuǎn)大的技術(shù)的信譽(yù)。

  在分子生物醫(yī)學(xué)迅速發(fā)展的今天,基因測(cè)序是每個(gè)人都避不開(kāi)的話題。對(duì)于肺癌患者,在治療前進(jìn)行基因組測(cè)序,知道是哪種驅(qū)動(dòng)基因?qū)е碌陌┌Y,就可以有針對(duì)性地用藥,不僅可以提高療效,而且會(huì)減少副作用和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。今天,隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,對(duì)一個(gè)人的基因組進(jìn)行全基因組測(cè)序只需要1000美元左右,時(shí)間只有一周左右。

  美國(guó)總統(tǒng)奧巴馬在2015年國(guó)情咨文演講中宣布進(jìn)行精準(zhǔn)醫(yī)療計(jì)劃后,個(gè)人基因組測(cè)序似乎迎來(lái)了發(fā)展良機(jī)。但是,為什么要進(jìn)行個(gè)人基因組測(cè)序和這種測(cè)序有哪些利弊,普通公眾卻不是很清楚。一個(gè)重要的原因是,這是一個(gè)方興未艾的領(lǐng)域。

  遺傳病治療

  

人類(lèi)的遺傳病已知的有五千多種,分為單基因遺傳病、多基因遺傳病和染色體異常遺傳病。如果進(jìn)行基因組檢測(cè)就不僅有利于找到病因,也有利于治療。

  例如,遺傳性耳聾就是一種遺傳性疾病,而且大多數(shù)遺傳性耳聾屬于單基因病。中國(guó)每年通過(guò)新生兒聽(tīng)力篩查可以發(fā)現(xiàn)3萬(wàn)左右聽(tīng)障新生兒,然而每年實(shí)際新增聾兒(0-6歲)超過(guò)6萬(wàn),超過(guò)半數(shù)的新生兒不能在新生兒聽(tīng)力篩查中檢測(cè)出來(lái)。原因就在于60%的耳聾與遺傳因素有關(guān),是通過(guò)遺傳或者隔代遺傳由父母?jìng)鹘o子女,不論父母中單方或者雙方是耳聾患者還是健康攜帶者,耳聾基因都會(huì)遺傳給子女。因此,90%的聾兒的父母都是聽(tīng)力正常者,也造成了難以早期防治遺傳性耳聾。對(duì)于遺傳性耳聾的預(yù)防,通過(guò)基因測(cè)序進(jìn)行篩查是最有效的手段。

  對(duì)于耳聾的基因測(cè)序,需要簡(jiǎn)便快速的測(cè)序手段。2009年,生物芯片北京國(guó)家工程研究中心研發(fā)出全球第一張耳聾基因篩查芯片就為檢測(cè)遺傳性耳聾病人打下了基礎(chǔ)。借助這一技術(shù),中國(guó)已經(jīng)對(duì)120萬(wàn)人進(jìn)行耳聾基因篩查,發(fā)現(xiàn)了1569名先天性聾兒、3556名藥物性耳聾敏感兒。由于每名藥物性耳聾敏感兒的家庭中至少有10名母系家族成員屬于藥物性耳聾高危人群,在他們患病服藥時(shí),避免使用容易導(dǎo)致耳聾的藥物,如鏈霉素、卡那霉素、新霉素、慶大霉素、紫霉素和萬(wàn)古霉素等,就可以避免這些人發(fā)生藥物性耳聾。

  耳聾基因組檢測(cè)尤其對(duì)中國(guó)意義重大,因?yàn)橹袊?guó)是世界上聽(tīng)力障礙和言語(yǔ)障礙者最多的國(guó)家,在8500萬(wàn)名殘疾人中,聽(tīng)力殘疾約占1/4。由于這種基因測(cè)序作用巨大,也吸引了美國(guó)的關(guān)注,美國(guó)于2014年與生物芯片北京國(guó)家工程研究中心達(dá)成合作協(xié)議,針對(duì)白種人的耳聾基因篩查芯片系統(tǒng)已研制成功。

  結(jié)果可能遭誤解

  由于基因檢測(cè)是一項(xiàng)正在發(fā)展的醫(yī)學(xué)技術(shù),當(dāng)然會(huì)存在缺陷。現(xiàn)在,美國(guó)約翰•霍普金斯大學(xué)的研究人員發(fā)現(xiàn),僅僅是對(duì)腫瘤基因組測(cè)序而不將其與其他組織細(xì)胞的基因組進(jìn)行對(duì)比,有可能導(dǎo)致對(duì)癌癥的誤診和誤治。

  正如上文所描述的那樣,對(duì)癌癥病人進(jìn)行基因組測(cè)序才能發(fā)現(xiàn)即便是同一類(lèi)癌癥,如肺癌,也有不同的種類(lèi),只有了解不同肺癌的特點(diǎn),才能采取有針對(duì)性的個(gè)性治療。但是,對(duì)癌癥基因組的檢測(cè)結(jié)果卻有可能遭到誤解。

  約翰•霍普金斯大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授維克多•威爾庫(kù)爾斯庫(kù)研究團(tuán)隊(duì)分析了由個(gè)人基因組診斷公司對(duì)815名癌癥患者的基因組測(cè)序數(shù)據(jù),這些癌癥患者所患的癌癥包括乳腺癌、腦癌、腎癌、肺癌、胃癌、胰腺癌、血癌和黑色素瘤。結(jié)果發(fā)現(xiàn),這些測(cè)序結(jié)果并不能完全反映癌癥患者的真正病因,因?yàn)檠芯咳藛T把這些癌癥基因變化與正常組織基因組相對(duì)比時(shí)發(fā)現(xiàn),并不是所有的癌癥基因改變都與腫瘤直接相關(guān)。一些基因發(fā)生改變只是生殖細(xì)胞變化,它們是從正常組織中遺傳的基因變化,在人與人之間有所不同。

  在只考慮患者腫瘤中所發(fā)現(xiàn)的基因變化并過(guò)濾掉最著名的種系變化后,只有382個(gè)基因變異可能與腫瘤相關(guān)。但在比較患者的全種系基因組與他們的腫瘤基因組之后,威爾庫(kù)爾斯庫(kù)等人發(fā)現(xiàn),平均起來(lái)這些與腫瘤可能有關(guān)的基因變異中有249個(gè)是病人正常組織的一部分,是遺傳變異而不是腫瘤特異性變異。

  如果只考慮腫瘤基因組測(cè)序所發(fā)現(xiàn)的基因變異,則有65%是假陽(yáng)性,與病人的腫瘤不相關(guān)。另外,當(dāng)把患者腫瘤基因組與生殖細(xì)胞的基因組進(jìn)行比較時(shí)發(fā)現(xiàn),這些基因變化也有33%是假陽(yáng)性,這些假陽(yáng)性影響48%的受試者。

  腫瘤基因組假陽(yáng)性的出現(xiàn)必然會(huì)影響到對(duì)腫瘤的診斷和治療。這雖然不是基因組測(cè)序的問(wèn)題,而是解讀基因的問(wèn)題,但是反映了對(duì)基因測(cè)序的解讀可能誤導(dǎo)對(duì)疾病的診治,因而也是基因測(cè)序迫切需要解決的問(wèn)題。唯一的方法是,通過(guò)比較一個(gè)人的腫瘤及其正常細(xì)胞的基因序列,才能知道哪些基因變異與癌癥相關(guān),哪些變異與癌癥無(wú)關(guān),據(jù)此才能采用合理的治療方式和藥物,從而讓癌癥治療更有效。

  但是,要把癌癥基因組測(cè)序與正;蚪M測(cè)序結(jié)合起來(lái)診斷看起來(lái)容易,實(shí)施起來(lái)卻有困難。比如費(fèi)用和工作強(qiáng)度。現(xiàn)在的癌癥全基因組測(cè)序是幾千美元,再加上個(gè)人全基因組測(cè)序得另加上一千多美元,此后是專(zhuān)業(yè)人員的比較和鑒定時(shí)間,以及專(zhuān)業(yè)能力,即是否能辨認(rèn)正;蜃兓是引發(fā)癌癥的基因變化。

  現(xiàn)在,這些問(wèn)題都不太容易解決,例如,健康保險(xiǎn)不可能完全覆蓋正常組織的基因測(cè)序費(fèi)用,而且,正常的基因組測(cè)序還涉及病人的隱私問(wèn)題。同時(shí),辨認(rèn)正常基因變化和癌癥的基因變化也需要非常強(qiáng)的專(zhuān)業(yè)能力,弄不好就可能誤診。

  良莠不齊的質(zhì)量

  準(zhǔn)確性是基因組測(cè)序必須解決的另一個(gè)大問(wèn)題,如果測(cè)序不準(zhǔn)確,或者認(rèn)定的變異基因與特定的疾病沒(méi)有關(guān)系,或一些基因與特定疾病有關(guān)系但卻沒(méi)有辨別出來(lái),就會(huì)造成誤診誤治。

  由于基因組檢測(cè)現(xiàn)在主要針對(duì)癌癥基因組和遺傳疾病的測(cè)序,最近《美國(guó)國(guó)家癌癥研究所雜志》發(fā)表了一篇調(diào)查55家網(wǎng)站進(jìn)行基因測(cè)序結(jié)果的質(zhì)量報(bào)告,F(xiàn)在,基因測(cè)序價(jià)格從99美元到13000美元不等,部分網(wǎng)站提供目錄,網(wǎng)友可以直接在網(wǎng)上下單訂購(gòu)檢測(cè)產(chǎn)品,獲得檢測(cè)以及基因咨詢服務(wù),這就出現(xiàn)了基因測(cè)序結(jié)果產(chǎn)品質(zhì)量良莠不齊的現(xiàn)象。

  這55家網(wǎng)站的擁有者包括商業(yè)公司、學(xué)術(shù)中心、科研機(jī)構(gòu)。格雷(Stacy Gray)等人對(duì)這55家網(wǎng)站基因測(cè)序結(jié)果的比較研究發(fā)現(xiàn),32家(58%)提供體細(xì)胞突變檢測(cè)或分析服務(wù),11家(20%)提供生殖細(xì)胞檢測(cè);44%的網(wǎng)站提供個(gè)性化癌癥護(hù)理服務(wù),15%的網(wǎng)站提供檢測(cè)結(jié)果解讀服務(wù)。這些網(wǎng)站最常提供的癌癥基因檢測(cè)包括乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌等。

  對(duì)這些提供基因測(cè)序的網(wǎng)站進(jìn)行評(píng)價(jià)主要依據(jù)兩種標(biāo)準(zhǔn),一是他們提供的服務(wù)是否合格,二是他們提供的測(cè)序是否有科學(xué)根據(jù)。對(duì)第一個(gè)標(biāo)準(zhǔn),研究人員邀請(qǐng)了相關(guān)專(zhuān)家組成專(zhuān)家小組,根據(jù)美國(guó)疾控中心基因組應(yīng)用實(shí)踐和評(píng)價(jià)預(yù)防工作組制定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)判斷這些網(wǎng)站提供的檢測(cè)服務(wù)是否合格。如果該專(zhuān)家小組90%的成員一致認(rèn)為某項(xiàng)檢測(cè)、診斷服務(wù)不合格,則該項(xiàng)服務(wù)即確定為不合格。結(jié)果,專(zhuān)家組發(fā)現(xiàn)大部分網(wǎng)站提供的個(gè)體化癌癥診斷或治療項(xiàng)目中至少有一項(xiàng)沒(méi)有臨床應(yīng)用價(jià)值。

  至于檢測(cè)的科學(xué)依據(jù),研究人員認(rèn)為尚難評(píng)判,因?yàn)榭茖W(xué)是在不斷發(fā)展的,基因檢測(cè)的科學(xué)標(biāo)準(zhǔn)也在發(fā)生變化。就目前而言,這些網(wǎng)站提供的基因檢測(cè)整體而言有些的確有臨床價(jià)值,也應(yīng)該應(yīng)用于患者,而有些檢測(cè)則被認(rèn)為沒(méi)有臨床價(jià)值。

  例如,癌癥基因組檢測(cè)中KRAS基因和EGFR基因突變就具有明顯的價(jià)值,但全外顯子測(cè)序和化療敏感性檢測(cè)則沒(méi)有明確的臨床價(jià)值。研究人員認(rèn)為,全外顯子測(cè)序是一個(gè)很有前景的技術(shù),但是現(xiàn)在還不能證明全外顯子測(cè)序能夠用于癌癥的靶向治療。美國(guó)臨床腫瘤協(xié)會(huì)也表示,化療敏感性的基因檢測(cè)不具有臨床價(jià)值。更重要的是,格雷等人的研究表明,現(xiàn)在的絕大多數(shù)基因檢測(cè)服務(wù)沒(méi)有臨床應(yīng)用的證據(jù)。

  所以,基因檢測(cè)盡管有重大作用,但目前由于正處于發(fā)展期,需要在科學(xué)證據(jù)上更加深入,同時(shí)需要在管理上更嚴(yán)謹(jǐn),不能因?yàn)樯虡I(yè)利益而毀掉了基因檢測(cè)的聲譽(yù)。而且,一旦基因檢測(cè)服務(wù)有誤,患者的索賠很困難。因此,基因測(cè)序需要規(guī)范和嚴(yán)格的管理,否則對(duì)病人的傷害會(huì)很大。