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盤點(diǎn)近期最熱的基因組測序新成果

[2014/12/18]

  種屬:蘭花(Phalaenopsis equestris)

  基因組:約1.2billionbp

  我國研究團(tuán)隊(duì)于十一月二十四日在Nature Genetics雜志上發(fā)布了小蘭嶼蝴蝶蘭(Phalaenopsis equestris)的基因組序列。這是一種廣泛用于雜交育種的蘭花品種,基因組含有29,431個(gè)蛋白編碼基因。這一成果為進(jìn)一步的蘭花生物學(xué)研究奠定了基礎(chǔ)。

  該項(xiàng)目由清華大學(xué)深圳研究生院黃來強(qiáng)教授和國家蘭科植物種質(zhì)資源保護(hù)中心暨深圳市蘭科植物保護(hù)研究中心劉仲健教授領(lǐng)銜完成,參與單位還包括臺(tái)灣成功大學(xué)、中國科學(xué)院植物所、比利時(shí)根特大學(xué)、深圳華大基因研究院、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)院等多個(gè)研究團(tuán)隊(duì)。

  種屬:川金絲猴(Rhinopithecus roxellana)

  基因組:約3billionbp

  中科院動(dòng)物研究所、中國科學(xué)院大學(xué)、北京諾禾致源(Novogene)公司的研究團(tuán)隊(duì)測序和裝配了一只雄性川金絲猴的基因組,并將其與三個(gè)近緣物種進(jìn)行了比較。這一成果發(fā)表在十一月二日的NatureGenetics雜志上。研究人員發(fā)現(xiàn),川金絲猴從脂肪酸獲取能量和降解外源物質(zhì)的能力得到了增強(qiáng)。這些信息可以幫助人們進(jìn)一步理解疣猴亞科的膳食適應(yīng)和進(jìn)化史。

  種屬:腸病毒D68(EV-D68)

  過去幾個(gè)月,腸病毒D68令數(shù)百名美國兒童患病。華盛頓大學(xué)的研究人員測序和分析了腸病毒D68(EV-D68)的基因組,這一成果將發(fā)表在新一期的 Emerging Infectious Diseases雜志上。(Genome Sequence of Enterovirus D68 from St. Louis,Missouri,USA)

  腸病毒D68(EV-D68)能在兒童中引起嚴(yán)重的呼吸道疾病。其基因組序列可以“幫助人們開發(fā)更好的診斷測試,”共同作者GregoryStorch說。“有助于解釋病毒感染為什么會(huì)造成嚴(yán)重的疾病,以及EV-D68為什么比過去傳播得更廣!

  種屬:蜈蚣(Strigamia maritima)

  基因組:290millionbp

  包括Baylor醫(yī)學(xué)院在內(nèi)的國際團(tuán)隊(duì)首次完成了多足類動(dòng)物的基因組測序,一種生活在海邊的蜈蚣Strigamia maritima。這一成果發(fā)表在十一月二十五日的PLOS Biology雜志上。

  S.maritima有毒而且生活在地下。研究人員認(rèn)為,這種蜈蚣的基因組序列有助于日后研究多足類動(dòng)物的進(jìn)化。

  “它的一些基因可以為人們提供直接的幫助。蜈蚣能通過注射毒液使獵物麻痹,”文章的共同作者,劍橋大學(xué)的Michael Akam說!斑@種毒液的成分往往可以制成強(qiáng)力的藥物,蜈蚣基因組序列將幫助人們找到編碼這些成分的基因!

  種屬:彈涂魚(Boleophthalmus pectinirostris、Scartelaos histophorus、Periophthalmodon schlosseri、P. magnuspinnatus)

  基因組:平均827millionbp

  彈涂魚又稱跳跳魚,是世界上唯一一種能在陸地上活動(dòng)的魚類。它們適應(yīng)獨(dú)特的生境,生活在近海沿岸及河口高潮區(qū)以下的灘涂上或是咸淡水的交界處。彈涂魚既能在水中呼吸,也能在空氣中呼吸。

  深圳華大基因研究院的科學(xué)家們對(duì)來自不同棲息地的四種彈涂魚進(jìn)行了基因組測序,這項(xiàng)研究發(fā)表在十二月二日的Nature Communications雜志上。研究顯示,彈涂魚的魚鰓中有關(guān)氨排泄的幾個(gè)基因經(jīng)歷了正向選擇,“表明它們對(duì)于彈涂魚耐受環(huán)境氨的能力很重要”。此外,研究人員還對(duì)彈涂魚的視覺相關(guān)基因進(jìn)行了研究。

  脊椎動(dòng)物從水生向陸生過渡是一個(gè)重要的進(jìn)化事件,而彈涂魚基因組為此提供了寶貴的信息。